A USS Enterprise chega à base estelar 11 para reparos após enfrentar uma forte tempestade iônica, durante a qual o oficial de registros, o tenente-comandante Ben Finney, morreu enquanto executava o que aparentava ser um procedimento-padrão da nave. Kirk se apresenta ao comodoro Stone, responsável pela base estelar, e entrega seu relatório do incidente. 

Entretanto, os diários de registro da nave mostram uma versão diferente daquela dada por Kirk. Stone começa a ter dúvidas sobre o depoimento de Kirk (suspeitando de perjúrio do capitão) no mesmo momento em que a filha de Ben Finney, Jamie, entra na sala do comodoro acusando Jim da morte do pai. As fitas de registro mostram que Kirk havia ordenado a ejeção de uma suposta cápsula iônica na qual estava Finney fazendo leituras durante a tempestade enquanto a nave ainda estava em alerta amarelo, o que só deveria ser feito quando a nave já estivesse em alerta vermelho. O lançamento prematuro não teria dado ao tripulante a chance de deixar a cápsula e causado sua morte. Com o conflito entre as gravações do diário e o relatório de Kirk, Stone ordena a instauração de um inquérito.

Confinado à base estelar durante tal inquérito, Kirk, tendo McCoy como companhia, é hostilizado por alguns oficiais da Frota que o julgam culpado pela morte de Finney. Após uma leve discussão, Kirk deixa o bar onde estavam, enquanto McCoy cruza com uma antiga amiga do capitão, Areel Shaw.

Durante o inquérito ficamos sabendo que Finney havia sido instrutor de Kirk na academia, os dois acabaram se tornando grandes amigos (Jamie recebeu o nome em uma homenagem a Kirk) e que ambos foram designados para uma mesma nave, a USS Republic (NCC-1371). Durante uma rendição de serviço, o então alferes Kirk encontrou uma válvula que havia sido deixada aberta pelo então tenente Finney de forma negligente, o que poderia ter causado a destruição da Republic. Ele corrigiu o problema e relatou o incidente de forma oficial, o que custou a Finney uma punição e tirou-lhe a preferência para promoções. 

O inquérito indica que Kirk é culpado de perjúrio e negligência culposa. O comodoro Stone propõe um acordo, onde Kirk alegaria esgotamento, o que faria com que ele perdesse o comando da nave. Kirk rejeita e, certo de sua inocência, não só concorda, mas exige que uma corte marcial seja instaurada.

Enquanto aguarda a chegada dos oficiais que formarão a corte marcial, e avisado por McCoy da presença de Areel Shaw (um antigo caso amoroso seu), Kirk volta ao bar onde a encontra. Ambos conversam brevemente sobre o problema de Kirk e como Areel é advogada da procuradoria-geral da Frota Estelar, Kirk pede que ela o defenda no julgamento, mas alegando estar ocupada ela indica Samuel T. Cogley para defendê-lo. Ao fim da conversa, Kirk pergunta como Areel está tão bem informada a respeito de seu caso e ela então lhe confessa ser a promotora do processo.

Kirk segue a recomendação e aceita a ajuda de Samuel T. Cogley, um excêntrico advogado, fanático por livros antigos e não adepto do uso de computadores. A corte marcial inicia os trabalhos. Spock é a primeira testemunha, seguida da oficial de pessoal da Enterprise e depois McCoy. Apesar de todos tentarem inocentar Kirk nenhum dos depoimentos --incluindo o dele próprio-- apresenta prova significativa que o ajude a se livrar das acusações. Curiosamente, Cogley não interroga nenhuma das testemunhas, exceto Kirk.

Uma gravação visual do diário é apresentada onde se vê claramente que Kirk lança a cápsula antes de emitir um alerta vermelho. Tal prova desconcerta a todos, inclusive o próprio Kirk e seu advogado --ambos começam a questionar se Kirk é mesmo inocente da acusação. 

Durante um recesso, Spock informa que a revisão dos computadores da nave não apresenta nenhum sinal de problemas. Jamie, que esteve presente durante todo o julgamento, reaparece e demonstra estar aceitando melhor a morte do pai, pedindo desculpas por ter lhe acusado antes. Cogley estranha a atitude da menina, justo quando as provas apontam para a culpa de Kirk.

Enquanto isso, Spock joga xadrez com o computador da Enterprise, sob protestos de McCoy. Spock explica que conseguiu vencer o computador por quatro vezes seguidas, o que deveria ser impossível uma vez que foi o próprio Vulcano quem programou a máquina para o jogo --sendo assim Spock não deveria ser capaz de vencê-lo, o que indica alguma falha nos bancos de dados do computador.

A sessão é reiniciada, mas Spock e McCoy aparecem e informam a Cogley suas recentes descobertas. O advogado exige que seja permitida a apresentação das novas evidências. Após um discurso exaltado e sob protestos da promotoria ele é atendido.

Todos os participantes da corte são levados a bordo da Enterprise, onde a sessão é reiniciada. Spock explica então os detalhes de como venceu o computador e como isso devia ser impossível, e como tal descoberta indicava que a programação havia sido alterada, algo só realizável pelo próprio Spock, pelo Capitão Kirk ou pelo supostamente falecido Finney. Cogley a partir daí presumiu que Finney estava vivo e escondido a bordo da Enterprise, por isso não foi achado pela busca ordenada por Kirk na ocasião.

Um plano é montado para provar esta teoria. Todo o pessoal da nave é transportado para a superfície e os integrantes da corte marcial são levados para a ponte. Uma vez lá, McCoy usa uma engenhoca que elimina o som dos batimentos cardíacos dos presentes. Isso feito, uma batida ainda pode ser captada pelos sensores da nave, presumindo-se então que esta seja de Finney.

Kirk vai até a seção da engenharia e encontra o tenente-comandante, vivo. Este ainda culpa Kirk por ter sua carreira estagnada e confessa ter planejado uma farsa para incriminar o capitão pela sua morte e, sem saber que sua filha havia sido trazida a bordo por Cogley, Finney confessa também ter sabotado a Enterprise. Ele fica desesperado quando Kirk conta sobre a presença de Jamie, e então uma luta se inicia enquanto a órbita da Enterprise começa a decair, sem que seus motores possam ser religados. Kirk vence a luta e desfaz os danos causados, permitindo que a tripulação da ponte possa estabilizar a órbita da Enterprise.

As acusações contra Kirk são retiradas e a corte marcial encerrada. Pouco antes da partida da Enterprise, Areel Shaw informa a Kirk que Samuel T. Cogley assumiu a defesa de Bem Finney. Ela se despede com um beijo em plena ponte da Enterprise.

"Court Martial" é a mais pura essência de um dos assuntos preferidos de Gene Roddenberry, o duelo Homem versus Máquina. E, se em outros episódios este assunto é tratado de forma incidental, aqui ele é o tema central do segmento. Todo o resto do que se em vê em tela tem por objetivo pavimentar os caminhos para levar a esse objetivo final, e é por conta dessa obsessão que são feitas concessões demais durante o episódio, concessões que tornam o resultado final pouco mais do que regular. 

Os problemas começam com a tal "cápsula iônica" a qual somos (muito mal) apresentados. Não há nenhuma explicação para a existência de tal dispositivo, algo importante de se saber tendo em vista que coloca em risco de vida de seu ocupante e principalmente porque é lógico concluir que não existam dados da tal tempestade ou da nave que os sensores da Enterprise não possam fornecer sem colocar as vidas de seus oficiais em risco (fato confirmado seguidamente por inúmeros segmentos de Jornada nas Estrelas, de todas as séries).

Além disto, se já é difícil conceber que uma alteração no registro de gravação --que deveria ser um sistema absolutamente independente do resto da nave-- possa interferir no conteúdo de um banco de dados de uso geral, fica ainda mais difícil entender por que alguém a bordo teria autorização para alterar estes dados, (Kirk, Spock e Finney tinham), o que diminui muito a utilidade do tal gravador. O que adianta uma "caixa preta" que pode ser alterada?

Prosseguindo, a maneira escolhida para exibir o confronto homem e máquina é o normalmente dramático cenário de um tribunal, mas esta idéia acaba sendo mal-executada, como podemos ver a seguir.

Embora estejamos falando de um cenário fictício, a autoridade do comodoro Stone, instaurando um inquérito e a seguir, uma corte marcial, parece tremendamente exagerada (e parece mesmo violar a cadeia de comando, pois não é mostrado em nenhum momento que ele é de fato o oficial comandante direto de Kirk, ele não poderia ter feito o que fez por si só, deveria ter contatado o Comando da Frota). Mesmo a tal corte marcial é apresentada com os trejeitos de um tribunal civil, tendo inclusive um advogado civil na defesa de Kirk. Por ser um julgamento militar, a presença de Cogley, e mesmo a de Jamie Finney, também é problemática. Curioso também é que o episódio não explica o que Jamie (vivida por uma fraca atriz em um "modelito" horroroso) estava fazendo naquela base estelar em primeiro lugar e nem se de fato houve ou não uma comunicação entre ela e o pai após o incidente.

O encontro de Kirk com uma antiga namorada (que logo depois descobrimos que será a promotora no caso de Kirk), numa tentativa de aumentar a pretensa "carga dramática" de sua situação, é inverossímil, pois o fato deles terem tido algum relacionamento pessoal daria a ela a quase obrigação legal de declarar-se impedida de exercer a função (ela inclusive se arrisca a receber uma punição por má prática da profissão ao não fazer isso --o que não faz muito sentido), e daria a um bom advogado de defesa a oportunidade de indeferir o julgamento. 

Durante o julgamento, a oficial de pessoal da Enterprise lembra-se de um registro em particular na ficha de um dos muitos tripulantes a bordo da Enterprise. É claro que ela pode ter sido instruída a estudar os detalhes da ficha de Finney por causa de sua participação no julgamento. Entretanto, se assim foi, por que então o espanto quando a fita (com diário de gravação visual) foi exibida? Kirk e seu advogado foram para o tribunal sem ter visto antes a principal prova da acusação? Devemos então acreditar que ninguém foi avisado de nada e que a oficial de pessoal tem memória fotográfica? Ou devemos acreditar que os roteiristas convenientemente esqueceram que a defesa precisa ter ciência prévia de todas as provas e testemunhas apresentadas pela promotoria? 

Depois disso, o discurso de Cogley perante a banca a fim de convencer Stone a transferir o julgamento para a Enterprise, apesar de causar (até certo ponto) simpatia ao fã, é por demais abstrato para realmente convencer alguém a tomar a tal decisão de transferir o lugar do julgamento.

A bordo da Enterprise, um segundo "dispositivo de trama" é inserido, no caso o tal "supressor de som" ("interpretado" por um nada futurístico microfone), usado para eliminar as batidas de coração das pessoas a bordo, algo difícil de conceber e de explicar, visto que a única maneira de impedir a propagação do som seria impedir as próprias batidas de cada coração. Somente dessa forma o dispositivo alcançaria seu propósito, mas com o efeito colateral de matar os tripulantes a bordo. Se pensarmos, por outro lado, que ele serve apenas para filtrar as frequências de uma dada batida, por que ele seria tão importante assim se Spock com o apertar de um botão conseguiu eliminar as batidas do operador do transporte?

Mais ainda. Apesar de estar afastado do comando, Kirk ordena a todos que deixem a nave, colocando a nave (propriedade da Frota Estelar e não dele) sob risco, assim como também coloca em risco as pessoas na superfície do planeta onde a base estelar 11 está instalada, afinal, a queda de um objeto do tamanho da Enterprise poderia ter efeitos catastróficos. Essas ações de Kirk poderiam (e deveriam) ser alvo de outro inquérito. Fascinante como todos os elementos do roteiro conspiram no final para produzir a "falsa encrenca" que faltou ao episódio até ali, colocando a Enterprise à beira da destruição e Kirk tendo que sair sozinho no braço com Finney para evitar tal desastre, tudo na forma mais artificial e absurda possível. 

Outra vez devemos nos perguntar se não há uma maneira mais fácil de encontrar uma pessoa a bordo da nave, como, por exemplo, usando os sensores da nave (e transportá-la para uma cela de segurança em seguida).

Todos os pontos expostos aqui podem ser discutidos ou mesmo justificados --apesar de em alguns casos ser necessária uma grande dose de boa vontade para tal. Entretanto, quando passamos a maior parte de um episódio tentando justificá-lo ao invés dê simplesmente assisti-lo, é sinal de que algo está errado. O exagero no tribunal, que às vezes beirava uma inquisição, os "dispositivos de trama" mal elaborados, a falta de cuidado com os detalhes que ao longo do episódio receberam um tratamento algumas vezes dúbio, outras vezes omisso, com foco apenas no resultado final a ser atingido e esquecendo a qualidade do meio, o sacrifício do bom senso, sacrifício este executado para poder levar Kirk ao final típico de herói, salvando sua nave e provando sua honra após uma luta corpo a corpo, tudo isso compromete a eficiência do episódio.

O que torna "Court Martial" eventualmente até agradável de se assistir é a eficiente atuação do trio Spock, McCoy e Kirk, e também do elenco convidado, com destaque absoluto para Elisha Cook Jr. A condução dada pelos atores, além de algumas curiosidades do passado de Kirk, consegue angariar alguma simpatia em um primeiro momento, embora esta se esgote quando o episódio é mais bem avaliado. Com o desenvolvimento de personagens fica clara a intenção de mostrar a dedicação integral de James T. Kirk à sua carreira na Frota Estelar e à sua nave e uma maior definição do "lado Vulcano" de Spock (a cena em que McCoy dá uma bronca no Vulcano, quando encontra Spock calmamente jogando xadrez, quando o destino de Kirk está por um fio, é clássica na série). 

O resultado final é um episódio que até diverte, mas que não deve e mesmo não pode ser levado muito a sério. 

Kirk - "You may be able to beat your next captain at chess."
("Você pode ser capaz de vencer seu próximo capitão no xadrez.")

Spock - "If I let go a hammer on a planet having a positive gravity, I need not see it fall to know that it has, in fact, fallen."
("Se eu deixar cair um martelo num planeta com gravidade positiva, eu não preciso vê-lo cair para saber que, de fato, caiu.")

McCoy - "All of my old friends look like doctors. All of his look like you."
("Todos os meus velhos amigos parecem médicos. Todos os dele parecem você.")

McCoy - "Mr. Spock, you're the most cold-blooded man I've ever known!"
("Sr. Spock, você é o homem mais sangue-frio que já conheci!")
Spock - "Why, thank you, Doctor."
("Ora, obrigado, doutor.")

Samuel T. Cogley - "I speak of rights! A machine has none; a man must. If you do not grant him that right, you have brought us down to the level of the machine; indeed, you have elevated that machine above us!" 
("Eu falo de direitos! Uma máquina não os têm; um homem precisa. Se os senhores não garantirem a ele esse direito, o senhores nos rebaixaram ao nível da máquina; de fato, os senhores colocaram a máquina sobre nós!")