Spock e Joe Tormolen se transportam para o planeta Psi 2000 para resgatar uma equipe de pesquisa antes que o planeta se desintegre. Eles descobrem que todos morreram congelados quando o sistema de suporte de vida foi desligado. Mais estranho ainda, as posições dos corpos dos pesquisadores mostram que eles estavam mentalmente afetados. Alguns até haviam cometido suicídio.

Sem ter conhecimento, Tormolen acabou levando o que mais tarde seria chamado de vírus "Psi 2000" para a Enterprise e contaminou a tripulação de forma assustadora, atingindo suas almas e trazendo à tona seus desejos mais profundos. O vírus é uma mutação derivada da água e é transmitido pelo suor. Ao tentarem impedir Tormolen de cometer suicídio, Sulu e Kevin Riley são infectados pelo vírus.

A tripulação começou a agir exageradamente, manifestando suas fantasias. Sulu ameaça o pessoal da ponte com um florete e Kirk declara seu amor pela Enterprise. Christine Chapel admite sua paixão por Spock e o vulcano lamenta sua repressão de emoções. O resultado mais fatal, no entanto, ocorre quando Riley declara-se capitão da Enterprise e tranca-se na engenharia. O tenente desliga os motores da nave e a órbita começa a decair por efeito da errática gravidade do planeta.

McCoy encontra um antídoto para o vírus mas para que não seja tarde demais, Spock e Scott precisam improvisar um meio de ligar os motores da nave sem antes aquecê-lo.

"The Naked Time" é sempre lembrado como o primeiro grande salto do desenvolvimento dos personagens principais de Jornada nas Estrelas. No entanto, pouco se menciona a não tão sutil mensagem embebida neste episódio.

Toda a história é uma parábola que demonstra os malefícios do álcool. McCoy refere-se ao sintoma da doença como similar a embriaguez. A grande dificuldade enfrentada pelo pessoal da Enterprise é a de "dirigir" a nave que está prestes a cair em Psi 2000. Em certo momento, a câmera mostra claramente uma pichação a bordo da nave com os dizeres "Sinner repent" (Pecadores, arrependei-vos).

É claro que além de fazer uma "pregação" contra o álcool, o episódio se aproveita da eliminação do senso de autro-crítica dos personagens para desenvolvê-los e permitir ao telespectador olhá-los "de dentro".

Assim, Kirk mostra sua relação de amor e ódio com a Enterprise, que toma-lhe todo o tempo e o impede de ter uma vida pessoal.

Spock expõe seu "complexo de híbrido", o fato de ter reprimido todo e qualquer traço humano de sua personalidade, apesar de tê-los todos dentro de si.

Sulu demonstra sua paixão pela esgrima, interpretando uma espécie de D´Artagnan a bordo da Enterprise.

A enfermeira Chapel mostra seu amor por Spock.

O curioso é que além de desenvolver os personagens principais, "The Naked Time" também imprimiu grande carisma nos personagens secundários. O maior exemplo disso é o tenente Riley, que mostra um grande potencial como personagem, graças à excelente atuação de Bruce Hyde. O personagem ainda voltaria em Jornada no episódio "The Conscience of the King", mas não com a mesma vitalidade.

Uma possível falha no roteiro é o fato de McCoy estar o tempo todo em contato com os doentes, mas mesmo assim não ser contaminado.

Riley - "I will take you home, Kathleen..."
("Vou levá-la para casa, Kathleen...")

Riley - "Do you know at Joe´s mistake was? He wasn´t born an Irishman."
("Sabe qual foi o erro do Joe? Ele não nasceu irlandês.")

Spock - "When I feel friendship for you, I feel shame."  
("Quando sinto amizade por você, eu sinto vergonha.")