O casamento de Angela Martine e Robert Tomlinson é interrompido quando uma ave-de-guerra romulana destrói o posto avançado 4, que guarda a Zona Neutra entre a Federação e o espaço romulano. Kirk descobre que a nave romulana também destruiu três outros postos e agora está fugindo a toda velocidade para casa.

A USS Enterprise persegue a ave-de-guerra, apesar das dificuldades impostas por um dispositivo de camuflagem que torna a nave romulana invisível. O uso da camuflagem, entretanto, impede os romulanos de usarem suas armas ou seus sensores. Por esta razão, o comandante romulano não sabe se seu radar está detectando uma nave da Federação ou apenas um eco de sua própria nave.

Spock consegue captar uma imagem da ponte romulana, que mostra que os romulanos se parecem muito com os vulcanos. Isso desperta um velho preconceito no tenente Andrew Stiles, descendente de uma família que lutou nas Guerras Romulanas. Ele passa imediatamente a suspeitar de Spock, que tem incrível semelhança com os romulanos.

Depois que todas as tentativas de escapar da Enterprise falham, o comandante romulano é obrigado a lutar. As duas naves sofrem avarias; quando so bancos feiser da Enterprise são avariados, eles emitem um gás venenoso que acaba rendendo Stiles e Tomlinson, que estavam no controle de armamentos. Em uma corrida contra o tempo, Spock consegue disparar manualmente os feisers, desabilitando a nave romulana. O vulcano consegue salvar Stiles, mas Tomlinson é morto.

O comandante romulano contacta a Enterprise e, lamentando, diz a Kirk que em outras circunstâncias, ele suspeita que os dois poderiam ter sido amigos. Em vez de deixar que ele e sua nave fossem capturadas, o romulano destrói a ave-de-guerra.

"Balance of Terror" é considerado um dos episódios clássicos da série original de Jornada nas Estrelas. Este crédito é conquistado por duas grandes inovações presentes na história que contrastam com os padrões da ficção científica da época.

O primeiro deles é o eloqüente discurso contra o preconceito. O segundo, que viria a ser uma das marcas de Jornada nas Estrelas, é a defesa de uma visão não-maniqueísta dos inimigos.

A história é contruída para evidenciar em um primeiro momento o preconceito do tenente Stiles para com Spock, pelo simples fato de se parecer com os romulanos, para depois deixar claro o repúdio da civilização do século 23 contra o preconceito (mostrado por meio da atitude de Kirk frente ao tenente traumatizado pelos horrores da guerra Terra-Romulus no século 22) e por fim mostrar que o preconceito era realmente infundado, conclusão demonstrada pela atitude de Spock, que se arrisca para salvar o próprio tenente Stiles.

Mas, sem dúvida alguma, o que mais chama a atenção é o senso de honra, justiça, lealdade e conflito impresso nos inimigos da Enterprise. Os romulanos não são simplesmente "maus"; são indivíduos com personalidades e opiniões distintas, são leais e têm um admirável senso de honra (característica que seria transferida para os Klingons em A Nova Geração).

O episódio mostra que a política do Império Romulano não é igual às opiniões de seus soldados. Mostrando isso, o episódio nos leva a pensar que os soldados também são vítimas da guerra, porque combatem seguindo ordens mas contrariando suas opiniões e princípios.

No que diz respeito ao desenvolvimento dos personagens, Spock e McCoy são os que saem lucrando com o episódio.

Apesar de ser posto em xeque em razão da semelhança entre os vulcanos e os romulanos, Spock permanece inabalável. McCoy começa a ser um contraponto mais forte para Spock, no que seria o início de um dos relacionamentos mais férteis da história de Jornada nas Estrelas. Isso fica claro durante a reunião entre os oficiais para decidir se a Enterprise deveria ou não violar a Zona Neutra Romulana.

Os personagens secundários (Sulu, Rand, Scotty e Uhura) começam a ser negligenciados, fato que iria se acentuar ainda mais nos episódios subseqüentes.

Apesar da falta de desenvolvimento dos personagens, o episódio dá um grande salto ao nos mostrar o cotidiano da Enterprise: durante o prólogo, Kirk realiza um casamento. Nesse momento, um truque de iluminação traz um brilho aos olhos de William Shatner que quase nos faz acreditar que ele tem a bênção divina para realizar a união.

Infelizmente, a história carecia de um elemento não-disponível  aos produtores na época: bons efeitos especiais. Em "Balance of Terror" as batalhas são melhor compreendidas pelos diálogos entre os tripulantes do que pelas imagens.

Kirk - "Here's one thing you can be sure of, mister --leave any bigotry in your quarters. There's no room for it on the bridge."
("Há uma coisa de que você pode estar certo, senhor --deixe seu preconceito nos seus alojamentos. Não há espaço para ele na ponte.")

McCoy - "In this galaxy, there's a mathematical probability of 3 million Earth-type planets. And in all of the universe, 3 million million galaxies like this. And in all of that, and perhaps more, only one each of us. Don't destroy the one named Kirk."
("Nesta galáxia, há uma probabilidade matemática de 3 milhões de planetas tipo-Terra. E em todo o universo, 3 milhões de milhões de galáxias como esta. E em tudo isso, e talvez mais, apenas um de cada um de nós. Não destrua aquele chamado Kirk.")

Comandante Romulano - "I regret that we meet in this way. You and I are of a kind. In a different reality, I could have called you friend."
("Eu lamento que nos conheçamos assim. Você e eu somos do mesmo tipo. Em uma realidade diferente, poderia ter te chamado de amigo.")