Como na maioria dos longa metragens, o novo Star Trek tem cenas que não fizeram parte do filme e foram cortadas na edição. De acordo com o diretor J. J. Abrams estas irão acabar no DVD e Blu-ray como extras. Na última semana, ele comentou sobre estas cenas cortadas e explicou o motivo de não tê-las incluído, principalmente a dos Klingons. Spoilers.
A história do filme é basicamente sobre Kirk e Spock. Ambos tiveram cenas de suas infâncias 
gravadas, mas algumas acabaram sendo descartadas na sala de edição. No entanto, mesmo que não estejam no filme, algumas dessas imagens foram utilizadas em trailers e comerciais de TV, como a cena em que Spock aparece bebê e com Winona Ryder (Amanda) e Ben Cross (Sarek).
Outras cenas cortadas referem-se a vida de Kirk criança. O ator Brad Henke que havia confirmado fazer o papel do tio alcóolatra de Kirk, não aparece no filme, assim como Spencer Daniels, que interpreta o irmão George Kirk Jr., também não dá as caras em nenhuma cena. Somente Jimmy Bennett, que faz o garoto que rouba o Corvette, ainda é visto no filme.
Mas a que causou maior espanto, mais pelo fato de ter sido mostrada foi a de Nero lutando com guardas Klingons. A cena cortada fazia parte de toda uma sub trama envolvendo Nero na prisão klingon de Rura Penthe. Mesmo que não estando no filme, ela apareceu no primeiro trailer, incluindo a fala de Nero: “A espera acabou”.
De acordo com o site TrekMovie (que viu o filme), há uma referência sobre uma batalha em um planeta prisão klingon e há também um breve vislumbre do passado de Nero em flashback. No entanto, nenhuma destas coisas torna claro que Nero foi realmente um prisioneiro em Rura Penthe. Mas os Klingons não ficaram de fora totalmente do filme (passe o mouse na parte em branco para saber do spoiler), suas naves warbirds classe D-7 são vistas no teste do Kobayashi Maru, além de serem mencionados durante a história.
Em entrevista ao site Empire e ao Collider, Abrams comentou que, “Houve uma grande sub trama Klingon presente neste filme, e realmente acabamos por retirá-la porque ela confundia a história de uma forma que achei muito legal, mas desnecessária. Então, temos esses belos desenhos que vamos ter de esperar e inserir em outro lugar, acho”, disse o diretor acrescentando que todas as cenas cortadas somaram de 05 a 10 minutos de fita.